Die Argumente der Wissenschaftstheorie bauen unmittelbar auf der Analyse wissenschaftlicher Argumentationsweisen auf. Es kommt daher nicht unerwartet, dass die tiefgehenden methodischen Veränderungen, welche die Entwicklung der Teilchenphysik bis hin zur Stringtheorie kennzeichnen, wissenschaftstheoretische Konsequenzen haben. Drei grundlegende Botschaften lassen sich identifizieren:

Die erste Botschaft ist nicht direkt an Stringtheorie gekoppelt. Die empiristische Vorstellung, wissenschaftliche Theorien wären alleine über ihre messbaren Effekte motivierbar, erscheint umso weniger plausibel, je weiter die Entwicklung der Teilchenphysik fortschreitet. Der Marginalisierung der sichtbaren Auswirkungen der Theorien (In moderner Teilchenphysik sind selbige auf einige seltsame Linien auf in Beschleunigerexperimenten gemachten Photos reduziert), steht eine enorme Ausweitung theoretischer Konzepte gegenüber. Es erscheint absurd, die weite Welt der teilchenphysikalischen Theorien zu Hilfskonstruktionen zur Vorhersage per se vollständig irrelevanter und nur unter den Extrembedingungen moderner Teilchenexperimente auftretender Linienmuster zu degradieren.

Ähnlich unangenehm für den Empirismus ist die zweite Botschaft. Die zentrale Überzeugung des Empirismus von der Unterbestimmtheit physikalischer Theorien (siehe der Abschnitt "Die Realismusdebatte") wird durch die veränderte Charakteristik der Theoriendynamik in der Stringtheorie unterlaufen. Die Tatsache, dass Stringtheorie trotz fehlender experimenteller Bestätigung seit zumindest zwei Jahrzehnten ein florierender und dynamischer Wissenschaftszweig ist, legt nahe, das verstärkte Wirken eines neuen Prinzips der "theoretischen Eindeutigkeit" zu postulieren, welches geeignet ist, der theoretischen Entwicklung auch ohne Verbindung zum Experiment zuverlässig eine Richtung zu geben. Theoretische Konsistenzüberlegungen reichen im Rahmen der Stringtheorie im Prinzip aus, um eindeutige strukturelle Aussagen zu machen. (Ein Beispiel wäre die im Abschnitt  "Die Stringtheorie" angesprochene theoretisch ableitbare Anzahl der Dimensionen der Raumzeit.) Das Prinzip der theoretischen Eindeutigkeit lässt sich auch strukturell im Rahmen der Stringtheorie nachweisen und stellt unserer Ansicht nach eine bedeutende Veränderung des wissenschaftlichen Paradigmas dar. Es steht in Widerspruch zum Postulat theoretischer Unterbestimmtheit und damit zum Empirismus.

Die dritte Botschaft allerdings widerspricht dem konventionellen Ansatz des wissenschaftlichen Realismus. Entscheidend hierfür ist die große Bedeutung des Dualitätsprinzips in der Stringtheorie. Zueinander duale Versionen der Stringtheorie weisen, obwohl sie physikalisch ununterscheidbar sind, oft unterschiedliche elementare Objekte auf und haben unterschiedliche räumliche Struktur. Die elementaren Objekte einer Theorie erscheinen in diesem Lichte als darstellungsabhängige technische Objekte ganz im Sinne des Empirismus und können nicht realistisch interpretiert werden.

Die drei beschriebenen Botschaften widersprechen in ihrer Gesamtheit sowohl dem Empirismus als auch dem klassischen wissenschaftlichen Realismus. Ausweg wäre ein nichtontologischer Realismus für den, wie sich zeigt, das Phänomen der theoretischen Eindeutigkeit eine gute Grundlage bietet. Die resultierende Position, von uns "Consistent Structure Realism" genannt, erkennt der eindeutigen konsistenten theoretischen Struktur Realität zu ohne ihre theoretischen Objekte ontologisch "aufzuladen". Da die abstrakt wissenschaftstheoretische Debatte ebenfalls nach Zwischenpositionen zwischen einfachem Realismus und Empirismus sucht, ist der Ansatz des "Consistent Structure Realism" auch jenseits der physikalischen Notwendigkeiten interessant. Selbst durch neuere physikalische Entwicklungen nahegelegt, könnte er zur Lösung seit längerer Zeit bestehender Probleme der Wissenschaftstheorie beitragen. Es zeichnet sich ein Wechselspiel zwischen physikalisch inspirierten und rein philosophischen Argumenten ab, das als Indiz für eine Wiederannäherung der beiden Disziplinen gedeutet werden kann. (Die in diesem Abschnitt skizzierten Aussagen werden in der Arbeit "Scientific Realism in the Age of String Theory" ausgeführt.)